캐나다 CRA 세무 점검: 기업이 반드시 확인해야 할 실무 체크리스트작성일 December 02, 2025

이번 글에서는 CRA 점검에서 자주 확인되는 주요 항목들과 그에 대한 실무적인 대응 방법을 정리합니다. 기본적인 세금 구조를 이해하고 있는 사업자라면, 본 체크리스트를 통해 놓치고 있던 부분이 없는지 점검해보시기 바랍니다.

1. GST/HST 신고 내역과 회계자료 간 정합성 점검

CRA는 사업자의 GST/HST 신고 내용을 검토할 때, 매출 신고, 세금 납부 내역, 회계장부, POS 시스템 데이터 간에 불일치가 있는지 정밀하게 확인합니다. 특히 전자 인보이스, 매출 소프트웨어, 회계 시스템 간의 데이터가 일치하지 않는 경우 감사가 시작될 수 있습니다. 세무 점검에 대비하기 위해서는 다음을 사전에 확인해야 합니다:

• 신고된 매출과 실제 회계상의 매출이 일치하는지

• 납부된 세액과 청구된 세액에 차이가 없는지

• 세금 환급(ITC) 관련 지출 증빙이 충분히 보관되어 있는지

2. 해외 SaaS 및 클라우드 서비스 이용 시 수입세 자동 납부 여부

해외에서 제공되는 디지털 서비스(예: AI 기반 도구, 회계/디자인 SaaS, 데이터 분석 툴 등)이 캐나다 사업 활동에서 사용한 경우, 상황에 따라 GST/HST를 자진 산출(Self-Assess)해야 할 수 있습니다. 신고에서 누락되는 경우가 있어 점검 시 확인되는 편입니다. 사업자는 다음을 준비해야 합니다:

• 해외 서비스 제공자 인보이스의 체계적 보관

• 사용처가 캐나다임을 증명할 수 있는 계약서 또는 이메일 기록

• 필요 시 GST/HST 자진 신고(Form GST59 등) 내역 및 납부 확인서

3. 외주 인력(Independent Contractor)의 적절한 분류 여부

CRA는 외주 인력의 고용 형태를 판단할 때 형식이 아닌 실질적 근로 관계(Total Relationship Approach) 를 기준으로 삼습니다. 외주 인력이 실제 근무 방식에서 직원과 유사한 형태라면 CPP/EI 등 고용 관련 공제가 적용될 수 있으므로 주의가 필요합니다. 사업자는 다음을 점검해야 합니다:

• 외주 인력과의 계약 내용이 CRA 기준에 부합하는지

• 근무 지시권, 업무 통제, 장비 제공 여부 등 실제 근로 형태 확인

• 외주 인력이 다수의 고객을 보유한 독립 사업자인지

4. SR&ED 세액 공제 신청 시 기술자료 및 실험 기록의 충실도

기술 기반 기업이라면 SR&ED(과학연구 및 실험개발) 세액 공제를 신청할 수 있지만, CRA는 프로젝트별 기술적 설명과 동시성 있는 문서(Contemporaneous Documentation) 를 중요하게 검토합니다. 신청 전에는 다음을 준비해야 합니다:

• 프로젝트별 기술 목표 및 시도 실패 사례 기록

• 실시간 개발 로그, 버전 히스토리, 회의록, 테스트 결과 등 당시 작성된 문서

• CRA 가이드라인에 따른 평가 문서 양식 준비 여부

5. 기록 보관 체계 및 세무 감사 시뮬레이션 준비

CRA는 사업자의 세무 자료를 최소 6년간 보관하도록 규정하고 있으며, 전자 파일, 이메일, 클라우드 저장소 자료도 감사 시 증빙자료로 인정될 수 있습니다. 자료가 여러 장소에 흩어져 있거나 담당자 변경으로 인한 단절이 있을 경우 대응이 어려워질 수 있습니다. 기업은 다음 사항을 점검해야 합니다:

• 회계/세무 자료의 보관 위치와 접근 권한 관리

• 부서 간 문서 공유 방식의 일관성

• 내부 감사 대응 매뉴얼 또는 시뮬레이션 도입 여부

CRA의 세무 점검은 예고 없이 시작될 수 있으며, 전자 자료 제출과 확인이 증가하면서 기록, 정합성, 증빙 여부의 중요성이 더욱 높아지고 있습니다. 단순히 신고를 잘하는 것에서 나아가, "신고된 내용이 내부 기록과 얼마나 일치하는지", "증빙자료가 완비되어 있는지"를 기준으로 점검에 대비해야 합니다. 정확한 대응을 위해 반기별 내부 점검, 외부 회계 전문가와의 정기 리뷰, 시스템 정비는 실질적인 도움이 됩니다.

라이즈파트너스는 GST/HST 정합성 검토, SR&ED 준비 자료 정리, 외주 인력 구조 점검 등 세무 관련 리스크를 사전에 파악하고 필요한 대응을 준비할 수 있도록 실무 중심 지원을 제공합니다.